Le CNMSS compte prés de 58 agents dont 10 médecins, 5 scientifiques, 13 tecnheciens supieurs, 10 techniceins principalux 03 administratifs, 04 infirmiers et 10 ouvriers

Son budget est rattaché pour ordre au budget général de l'état

les recettes du centre proviennent :
- des crédits alloués par le ministère de tutelle
- des recettes provenant des services rendus
- du produit de toutes taxes ou redevances qui seraient instituées à son profit
- des dons et legs
- des ressources diverses et toutes autres recettes autorisées par la loi

les dépenses du centre :

- pour le fonctionnent du centre et la rénumération du personnel contractuel
- nécessaires à l'exécution des projets de recherche approuvés par le Laboratoire de Recherche

Un agent comptable est désigné auprès du centre national de la médecine et des sciences du sport .il est chargé de l'exécution des recettes et des dépenses de l'établissement conformément aux dispositions du code de la comptabilité publique