Le CNMSS a pour mission :

d'assurer un suivi médical et scientifique pour les sportifs de haut niveau (action préventive, curative et prédictive).

d'observer l'évolution des sportifs lors de la compétition à la lumière des résultats des examens établis au CNMSS,

de réaliser des examens de surexpertise ou de contre expertise relatifs à l'éducation physique et au sport,

de contrôler sur le plan scientifique et technique toutes les cellules de médecine du sport existant dans les différents gouvernorats et dans les instituts supérieurs des sports et de l'éducation physique relevant du Ministère de la jeunesse, des sports et de l'éducation physique.

d'entreprendre des travaux de recherche scientifique et réaliser des projets de collaboration avec des structures nationales et internationales en matière de médecine et des sciences du sport.

de définir les normes anthropométriques et fonctionnelles de la jeunesse tunisienne en vue de les exploiter pour les besoins de l'éducation physique et du sport,

d'assurer une formation continue dans le domaine de la médecine et des sciences du sport pour le personnel médical, scientifique et paramédical du CNMSS.

de mettre à la disposition du personnel médical, des scientifiques et des techniciens du sport les références bibliographiques spécialisées.