Le CNMSS compte prés de 58 agents dont 10 médecins, 5 scientifiques, 13 tecnheciens supieurs, 10 techniceins principales 03 administrateurs, 04 infirmiers et 10 ouvriers

Son budget est rattaché pour ordre au budget général de l'état
les recettes du centre comprennent
- les crédits alloués par le budget de l'état
- les recettes provenant des services rendus
- le produit de toutes taxes ou redevances qui serait instituées à son profit
- les dons et legs
- les ressources diverses et toutes autres recettes autorisées par la loi
- les dépenses du centre :
les dépenses de fonctionnent du centre
les dépenses nécessaires à l'exécution des missions
Un agent comptable est désigné auprès du centre national de la médecine et des sciences du sport .il est chargé de l'exécution des recettes et des dépenses de l'établissement conformément aux dispositions du code de la comptabilité publique

Au CNMSS sont rattachés 8 centre reginaux